政治経済学研究科には、政治学専攻と経済学専攻が設けられ、横断的には政治学、社会学、経済学その他隣接諸科学を包含し、縦断的学問構造として、理論、歴史、政策の三位一体体系から構成される総合社会科学の追究を教育研究上の目的としている。そして、高度な専門的知識とそれを応用できる研究手法を備え、新たな課題に挑み、社会に貢献できる人材を育てることを使命としている。両専攻とも、博士前期課程と博士後期課程がある。なお、前者は研究者コースと高度職業人コースに分かれている。これらを通じ、自立性・創造性・革新性に優れたオリジナリティにあふれる気鋭の研究者の育成と、グローバルに活躍できる高い判断能力を備えた高度専門職業人の育成を目指している。