農芸化学専攻では、「食料・環境・生命」の分野における諸課題を物理、化学及び生物学の自然科学並びに分子生物学、工学などを基にし、先端技術を駆使して解決することを主眼とする。教育研究上の目標に、人と他生物の共存を図る(持続可能な地球環境)ことも念頭に置き貢献することを目的とする。教育・研究を通して輩出する人材は、農芸化学分野に関係する世界をはじめ、あらゆる職種に適う応用力のある専門性に富んだ人材の養成を目指す。
博士前期課程では、農芸化学に係る広い知識及び高度な技術を身につけた研究者又は技術者を育成する。博士後期課程では、博士前期課程で培った専門性を一層高め、独創的・先端的な研究・開発と実社会での指導的役割を担う研究者・教育者を育成する。