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日本史学専攻には次のような専門分野の9名の専任教員がいます。

落合 弘樹 明治維新史。特に藩体制の解体と明治国家の確立過程について、秩禄処分や不平士族など、旧藩士族の存在を基軸に研究。
清水 有子 戦国末期~近世日本史。キリシタン禁制や「鎖国」の形成など、政治外交上の諸問題を研究している。
高橋 一樹 日本中世の統治システムである荘園制の成立から展開の過程について、支配階層と地域社会との双方の視点から研究。
富山 仁貴 20世紀半ばから後半の社会運動や学校教育の分析を通じて、地域社会の実態と特徴を明らかにすることをめざしています。とくに、京都の農山村部での資料調査や当事者からの聞き取りに取り組むことで、地域に生きる人びとに軸足を置いた戦後社会の研究を進めています。
中村 友一 日本古代の政治史や律令法・制度を、4~10世紀と通時代的に、かつ中央・地方の双方向的な視点から見通す研究。
野尻 泰弘 日本近世史。村や大名の史料を用いて、藩と地域を総合的に研究している。
松山 恵 日本近代都市史。おもに幕末から明治期にかけての日本都市の特質について、空間・社会・文化の諸相から総合的に考察。
三浦 直人 近代史(文化史)。人名を通して、個人・自己の問題を考察。
山田 朗 日本近現代、とりわけ15年戦争期を中心とする国家と軍事の関係、天皇制の役割、陸海軍の特質、植民地支配の諸問題に関する研究。